Siegfried Mauser (* 3. November 1954 in Straubing) ist deutscher Pianist und Musikwissenschaftler. Er gilt als bedeutender Interpret von Klavierwerken des 20. Jahrhunderts, insbesondere von Paul Hindemith, Wilhelm Killmayer und Wolfgang Rihm.
Mauser studierte Schulmusik und Klavier an der Hochschule für Musik und Theater München bei Rosl Schmid und Alfons Kontarsky, außerdem Philosophie und Kunstgeschichte an den Universitäten München und Salzburg. 1981 promovierte er an der Universität Salzburg im Fach Musikwissenschaft.
Von 1983 bis 1987 lehrte er als Professor für Klavier und Kammermusik an der Hochschule für Musik Würzburg. Danach wechselte er als Professor für Musikwissenschaft ans Mozarteum Salzburg; dort gründete er 1989 ein Forschungsinstitut für musikalische Hermeneutik. 2002 wurde er als Professor für Musikwissenschaft an die Hochschule für Musik und Theater München berufen, der er seit 2003 als Rektor vorsteht (ab 1. Oktober 2007 Amtsbezeichnung Präsident). Daneben leitet er dort eine Klasse für Liedgestaltung.
Seit 2002 leitet er die Musikabteilung der Bayerischen Akademie der Schönen Künste.
Die Liste seiner CD-Einspielungen umfasst u. a. sämtliche Klavierwerke von Paul Hindemith, Alexander Zemlinsky und Karl Amadeus Hartmann sowie Klaviermusik von Claude Debussy, Wolfgang Rihm, Wilhelm Killmayer und Kammermusik von Günter Bialas und Paul Hindemith, darüber hinaus Lieder, z. B. von Gustav Mahler (mit Siegfried Jerusalem).